신비한 숲이 있는 마을로 이사를 오다
언니가 하는 건 뭐든지 하고 싶은 막내 메이, 언제나 활기 넘치는 언니 사츠키, 그리고 자상한 아버지 쿠사카베가 조용하고 작은 시골 마을로 이사를 오게 됩니다. 덜컹거리는 차 뒤에 가족들의 모든 짐을 실어서 도착한 곳은 낡고 허름한 주택이었습니다. 조금만 밀어도 기둥은 흔들거리고 쓰러질 것 같지만, 이 집에도 근사한 점이 아주 많습니다. 특히 정원 끝에 있는 아주 커다란 녹나무가 마음에 듭니다. 가족들은 냇가에서 물을 길어와 집을 청소하기 시작합니다. 언니 사츠키가 걸레질을 하고 아빠는 가구를 옮기고 메이도 그 둘을 도와 새집을 정리합니다. 엄마가 퇴원하면 같이 살려고 마련한 집이기 때문에 모두들 열심히 합니다. 다음 날, 가족들은 엄마 병문안을 나섭니다. 사츠키와 메이는 오랜만에 만난 엄마에게 신나게 자신들의 새 보금자리에 대해 이야기합니다. 엄마가 집을 마음에 들어 하는 것 같아 둘은 안심합니다. 집 정리가 끝나고 사츠키는 근처 학교를 다니기 시작합니다. 아빠는 집에서나 연구실에서 일을 해야 했기 때문에 메이는 자주 집에 혼자 있습니다. 혼자서 정원을 돌아다니며 놀고 있던 메이의 눈에 작은 도토리가 발견됩니다. 며칠 전 이 집에 처음 왔을 때 자신의 머리 위로 떨어진 도토리가 생각난 메이는 도토리가 놓여 있는 곳을 쭉 따라가 봅니다. 그리고 그 길 끝에 도토리를 모으려고 마을로 내려온 토토로 가족들을 발견합니다. 마침 심심했던 메이는 그들을 따라가 보기로 합니다. 정신없이 뒤를 쫓았더니 어느새 메이는 숲 깊숙한 곳까지 들어오게 됩니다. 토토로 가족이 마지막으로 사라졌던 큰 나무 아래를 살펴보던 메이는 그만 발을 헛디뎌 구멍으로 빠지게 됩니다. 거기서 메이는 아주 큰 토토로를 발견하게 됩니다. 폭신한 털과 귀여운 코를 가진 토토로는 곰처럼 보이기도 하고 커다란 쥐처럼 보이기도 했습니다. 메이는 그런 토토로가 한눈에 마음에 듭니다. 학교가 끝나고 집에 돌아온 사츠키는 집에 메이가 없다는 것을 발견합니다. 메이가 갈 만한 곳을 찾다가 정원 구석에서 메이의 모자를 발견하고 작은 길을 따라가 봅니다. 메이는 거기에서 잠이 들어있었습니다. 언니가 깨우는 소리에 일어난 메이는 곧장 자신이 토토로를 만났다고 이야기합니다. 아버지와 사츠키에게도 보여주고 싶었던 메이는 두 사람의 손을 이끌고 숲으로 향합니다. 하지만 토토로의 집은 이미 막혀있는 상태였습니다. 실망한 메이에게 아버지는 다음에 운이 좋으면 또 만날 수 있다고 위로해 줍니다.
토토로와 친구가 된 사츠키와 메이
갑자기 쏟아진 폭우에 사츠키는 아버지가 걱정되기 시작합니다. 아버지가 연구실에 갔을 땐 비가 오지 않아 우산을 두고 갔기 때문입니다. 사츠키는 메이를 데리고 아버지가 내리는 버스 정류장까지 마중 가기로 합니다. 아버지는 전철이 늦어져 버스를 놓치고 말았고, 그 사실을 알 수 없었던 자매는 하염없이 기다리기 시작합니다. 주변은 점점 어두워지고 가로등이 켜지기 시작하지만 아버지가 탄 버스는 오지 않고 있습니다. 동생 메이는 지치고 힘들어서 졸음이 쏟아졌고, 사츠키는 그런 동생도 챙기느라 힘이 듭니다. 그때 어디선가 발소리가 들립니다. 사츠키와 메이를 찾아온 토토로였습니다. 비가 많이 내리는데 우산 하나 없이 서 있던 토토로가 안쓰럽던 사츠키는 그에게 아버지 우산을 빌려줍니다. 우산 위로 톡톡 떨어지는 빗방울 소리가 마음에 들었던 토토로는 사츠키와 메이에게 감사의 표시로 나무 열매를 선물합니다. 토토로가 사라지자 비가 그쳤고 마침 아버지가 탄 버스가 도착합니다. 집으로 돌아간 셋은 정원에 선물 받은 열매를 심어 둡니다. 하지만 열매는 며칠이 지나도 싹조차 나지 않습니다. 메이가 매일 밤 싹이 나길 기다리며 잠이 들자 토토로는 그녀의 소원을 들어주기 위해 다시 정원에 나타납니다. 다음 날 아침 모든 열매에서 싹이 난 것을 발견한 사츠키와 메이는 기뻐서 소리칩니다. 며칠 뒤 쿠사카베의 집에 좋은 소식이 들려옵니다. 엄마의 병이 많이 좋아져서 주말에 잠시 집까지 외출할 수 있다는 소식이었습니다. 사츠키와 메이는 오랜만에 엄마와 함께 저녁도 먹고 목욕도 하고 잠을 잘 수 있다는 생각에 벌써 설레고 즐거웠습니다. 엄마에게 줄 싱싱한 옥수수도 따고 맛있는 채소와 과일도 준비해 둡니다. 잠시 나무 그늘에 쉬고 있을 그때, 멀리서 전보 소식이 들려옵니다. 엄마가 있는 병원에서 급하게 온 연락이라고 하자 사츠키는 당장 달려갑니다. 엄마가 감기에 걸려 이번 주 주말에 외출이 어려워졌다는 전화였고, 이에 메이는 시무룩해집니다. 사츠키는 어린 시절 엄마가 가벼운 감기에 걸렸다고 해놓고 병원에 입원한 적이 있었기 때문에 불안해합니다. 할머니 품에서 우는 언니 사츠키를 본 메이는 엄마 병원에 가보기로 합니다. 싱싱하고 맛있는 옥수수를 먹으면 엄마의 몸이 나아질지도 모른다고 생각했기 때문입니다. 마을에서 엄마의 병원까지는 어른이 걸어도 3시간은 걸리는 시간이었지만 어린 메이는 무모하게 길을 나섭니다. 해가 점점 지고 있던 시간, 언니 사츠키는 동생이 사라졌다는 것을 알게 됩니다. 온 동네를 뛰어다녔지만 동생 메이를 봤다는 사람이 없었고, 병원으로 가는 길에도 메이의 흔적은 보이지 않았습니다. 사츠키는 동생이 엄마를 찾으러 가다가 길을 잃었다고 확신하였고 혹시 가다가 연못에라도 빠졌을까 봐 걱정이 됩니다. 해가 완전히 지기 전에 동생을 찾아야 했던 사츠키는 토토로에게 도움을 요청하기로 합니다. 토토로는 사츠키의 이야기를 듣고 고양이 버스를 불러 그녀가 동생 메이에게 갈 수 있도록 안내합니다. 동생 메이는 마을에서 아주 떨어진 곳에 혼자 앉아 있었습니다. 메이가 어머니에게 옥수수를 드리려고 길을 떠났다는 사실을 알게 된 고양이 버스는 둘을 병원까지 데려다주기로 합니다. 고양이 버스 덕분에 단숨에 병원까지 날아오게 된 사츠키와 메이는 멀리서 밝은 모습으로 하는 어머니를 보게 됩니다. 두 자매는 안심하고 다시 집으로 돌아가기로 합니다.